관보(제14,117호, 1999.1.27)에 고시된 조약 제1,477호이다. 1998년 11월 23일 제55회 국무회의 심의를 거쳐, 1998년 11월 28일 서명되고, 1999년 1월 6일 제197회 임시국회 제6차 본회의의 비준동의를 거쳐 1999년 1월 22일자로 발효되었다.
이 협정은 1982년 「해양법에 관한 국제연합 협약」에 의해 새로운 국제 어업환경의 재정비를 위해 체결하게 되었다. 전문 및 17개조와 부속서로 구성되었으며, 한국과 일본의 배타적경제수역에 적용된다.
한국과 일본 간 어업협정은 1965년 6월에 최초로 체결되었는데, 그 협정을 구한일어업협정, 새로 체결된 이 협정을 신한일어업협정이라 부르기도 한다. 이 협정이 발효되며, 1965년 체결된 구한일어업협정은 효력을 상실했다.