지방자치단체의 입법과 행정기능을 각각 주민에 의하여 직접 선출된 다른 기관이 담당하는 방식을 ‘기관대립형’이라고 하고, 주민이 선출한 의회가 입법과 행정기능을 모두 담당하는 방식을 ‘기관통합형’이라고 한다. 우리나라는 지방자치단체의 규모, 인구 등과 관계없이 모든 지방자치단체에서 단체장과 의회를 주민이 직접 선출하는 방식, 즉 집행기관과 의회의 기관대립형 방식을 원칙적으로 따르고 있다.

그런데 전부개정된 지방자치법은 이러한 일률적 규율 대신, 지방자치단체별로 각자의 여건에 맞는 기관 구성의 형태를 주민들이 선택할 수 있도록 하는 취지를 가지고 있다. 그동안의 지방자치가 지방의회 및 집행기관에 대한 직선제를 도입하고 지속적으로 실행하여 지방자치단체 구성에 있어서 민주주의를 안정화하는 과정이었다면, 앞으로의 지방자치는 기관 구성 다양화를 통하여 “자치 형태의 자치”까지 구현하는 방향성을 가지고 있다고 생각된다. 주어진 지방자치의 형태를 일방적으로 수용하는 것이 아니라, 헌법의 틀 안에서 지방자치의 형태를 주민들이 각자 선택할 수 있도록 하는 것이어서, 이를 ‘지방자치의 자치’라고도 평가할 수 있을 것이다.

우리나라에서 도입하고자 하는 이른바 지방자치단체의 기관 구성 다양화는 주로 미국의 도시정부(Municipal Government)의 기관 구성을 모델로 하는 것으로 보인다. 미국은 지방정부 형태로 의회-매니저형(council-manager), 시장-의회형(mayor-council), 위원회형(commission), 주민총회형(town meeting), 대의원 주민총회형(representative town meeting) 등의 5가지 모델을 주로 사용한다. 역사적으로 미국의 지방정부는 초기에는 의회(council)를 중심으로 발전되어 오다가, 여기에 권력분립 원칙이 가미되면서 행정을 담당하는 시장(mayor)의 지위가 점차 중요하게 되었다고 한다. 행정 담당자는 초기에는 의회(council)에서 선출·임명되기도 하였고, 선거로 선출되기도 하였으며, 선거로 선출된 공직자들이 행정을 담당하는 매니저를 임명하기도 하는 등 다양한 방식으로 임명되면서, 미국의 지방정부 형태는 역사적으로 다양하게 발전되었다. 그 결과 다양한 지방정부의 형태가 나타나게 되었다.

미국의 도시정부 매니저(city manager)들의 연합체인 ICMA(International City/County Management Association)에서 주기적으로 조사·발표하는 ‘ICMA 서베이 리서치’에 따르면, 미국에는 12,761개의 도시정부가 존재하는데 전체적으로는 위의 5가지 모델이 모두 나타나고 있으나 의회-매니저형이 약 40%, 시장-의회형이 약 38%, 나머지가 22% 정도로 사용되고 있다고 한다. 이러한 모델 중에서 현재는 의회-매니저형이 가장 다수의 지방정부가 채택하고 있는 기관 구성 형태인 것이다.

시장-의회형은 직선으로 선출된 시장과 의원들이 각각 행정과 입법을 담당하는 기관대립형 정부 구조인 반면, 의회-매니저형은 직선으로 선출된 의회에서 시 매니저를 선임하고, 그 매니저가 의회로부터 행정권한을 위임받아 집행기능을 수행하는 방식으로 기관통합형에 가까운 정부 구조다. 이러한 지방정부의 형태는 고정적인 것이 아니어서 그동안 미국의 지방정부들은 2/3 이상이 1회 이상 정부 구조를 변경했다고 한다. 일반적으로는 인구 50만 이상의 대도시와 인구 5,000명 이하의 소도시에서는 시장-의회형을, 그 중간 단계의 지방자치단체에서는 의회-매니저형을 채택하는 경우가 많다고 한다.

기관 구성의 다양화는 지방자치단체와 주민이 자치단체의 상황에 맞는 기관 구성의 형태를 선택할 수 있도록 한다는 점에서 지방자치의 자치라는 의미를 갖는다고 평가할 수 있을 것이다. 지방자치법에 근거를 두고 있고, 별도의 법률을 통하여 기관 구성의 다양한 형태가 제시될 것이기에 지방의회를 반드시 두는 것을 전제로 하여 다양한 형태를 시도할 수 있을 것으로 생각된다.

지방자치법 전부개정 법률 중 주목할 만한 사항은 지방의회의원에 대하여 정책지원 전문인력을 둘 수 있도록 한 제41조이다. 종래 대법원은 “지방의회의원에 대하여 유급 보좌 인력을 두는 것은 지방의회의원의 신분·지위 및 처우에 관한 현행 법령상의 제도에 중대한 변경을 초래하는 것으로서 국회의 법률로 규정하여야 할 입법사항”이라고 하며 유급 보좌인력에 대한 채용공고 행위와 보수 예산안 의결을 위법하다고 판단한 바 있다(대법원 2013.1.16. 선고 2012추84 판결, 대법원2017.3.30. 선고 2016추5087 판결 등 참조).

그동안 지방의회 역량 강화를 위하여 유급 보좌인력을 둘 수 있도록 법 개정이 필요하다는 견해가 지속적으로 주장되었다. 이번 개정을 통하여 비록 보좌인력이라고 명시되지는 않았지만 대통령령이 정하는 방식에 따라 의원에 대한 지원인력을 확보할 수 있게 되었다는 점에서 의미가 크다고 평가할 수 있다.

종전에는 지방의회 의장의 추천을 거쳐 시·도의회 사무직원을 지방자치단체장이 임명하게 되어 있던 것을 전부개정 법률을 통하여 시·도의회 의장이 임면하도록 하였다. 그동안 시·도의회의 사무직원을 지방자치단체장이 임명함으로써 지방의회의 독립성이 침해될 수 있다는 지적이 있었다. 전부개정 법률은 종전에 비하여 시·도의회의 독립성을 제고하고 그 기능을 강화하는 데 기여할 수 있을 것으로 평가된다.

법률 개정 전에는 시·군 및 자치구의 법령 위반에 대하여 시·도지사가 제소하지 않으면, 주무부 장관이 직접 제소할 수 있는 수단이 없었다. 관련하여 대법원은 이전 지방자치법 제172조 제4항, 제6항에서 지방의회 재의결에 대하여 제소를 지시하거나 직접 제소할 수 있는 주체로 규정된 ‘주무부 장관이나 시·도지사’가 시·도에 대하여는 주무부 장관을, 시·군 및 자치구에 대하여는 시·도지사를 의미하는 것으로 해석하였다(대법원 2016. 9. 22. 선고 2014추521 전원합의체 판결).

그 근거로 지방자치법은 제16조 제3항 내지 제7항, 제170조 제2항, 제172조 제7항 등에서 주민 감사청구에 따른 감사 절차, 직무이행명령의 대집행, 지방의회 의결에 대한 재의요구 지시의 불이행에 따른 제소 지시 또는 직접 제소에 대하여 ‘주무부 장관이나 시·도지사’의 권한과 후속 조치를 규정하고 있는데, 관련 규정의 체계와 형식, 내용에 비추어 보면 위의 조항은 각 조의 제1항에 따라 주무부 장관은 시·도에 대하여, 시·도지사는 시·군 및 자치구에 대하여 각각 일정한 권한을 가지고 있는 것이 전제되어 있다는 점 등을 들었다.

지금까지는 시·군 및 자치구의 법령 위반에 대한 국가의 실효성 있는 통제 수단이 없어 법령 위반 사항이 해소되지 못하고, 주민의 권리·의무에 영향을 미치는 문제가 있었다는 인식에서 출발하여, 지방자치법 전부개정 법률에서는 주무부 장관은 자치사무에 관한 시장·군수 및 자치구의 구청장 명령이나 처분이 법령에 위반됨에도 불구하고 시·도지사가 시정명령을 하지 아니하면 시·도지사에게 시정명령을 하도록 명할 수 있다. 또한, 주무부 장관이 직접 시정명령과 명령·처분에 대한 취소·정지를 할 수 있도록 하였다. 뿐만 아니라 시·군 및 자치구의회의 의결이 법령에 위반됨에도 불구하고 시·도지사가 재의를 요구하게 하지 아니하면 주무부 장관은 시장·군수 및 자치구의 구청장에게 재의를 요구하게 할 수 있도록 하였다.

종전의 인구 50만 이상 대도시의 특례 외에 인구 100만 이상 대도시를 특례시로 지정하여 추가 특례를 둘 수 있도록 하였다(지방자치법 제198조 제2항 제1호). 2025년 10월을 기준으로 수원, 고양, 용인, 창원, 화성 등 5개 도시가 특례시로 지정되어 있다.

또한, 특별지방자치단체의 설치 근거를 마련하였다는 점은 중요하다고 할 수 있다(제199조부터 제211조까지). 지금까지는 광역행정 수요에 효과적으로 대응할 수 있도록 특별지방자치단체의 설치 근거는 있었으나, 구체적인 규정이 없어 특별지방자치단체를 설치·운영할 수 없는 문제가 있었다. 전부개정 법률은 특별지방자치단체를 법인으로 하고, 특별지방자치단체 설치 시 상호 협의에 따른 규약을 정하여 행정안전부 장관의 승인을 받도록 하며, 특별지방자치단체의 지방의회와 집행기관의 조직·운영 등은 규약으로 정하도록 하는 등 특별지방자치단체 설치·운영과 관련한 세부 내용을 규정하였다.