일제는 한일합방과 더불어 1910년 8월 29일 식민통치의 기관 설립을 위하여 ‘조선총독부 설치에 관한 건'(칙령 제319호)을 공포하였다. 이 칙령에 의하면, 조선에 조선총독부를 설치하고 조선총독은 위임의 범위 내에서 육해군을 통솔하고, 일체의 정무를 통할할 수 있게 되었다. 그러나 당분간은 종전의 統監府와 소속관서를 존치시켜 조선총독의 직무를 맡겼다. 또한 內閣과 表勳院을 제외한 대한제국 소속의 기관을 총독부의 소속관서로 간주하여 정무의 집행을 담당하게 하였다. 1개월 뒤인 9월 30일 ’통치기관의 통합, 지방기관의 충실, 인원의 선택배치, 경비절감' 등 새로운 관제 시행을 위해 조선총독부와 소속관서관제(칙령 제354호)를 공포하고, 10월 1일부터 시행하였다.
이에 따라 조선총독은 직권 또는 특별한 위임으로 朝鮮總督府令을 발하고, 이에 1년 이하의 징역이나 금고, 구류, 200엔 이하의 벌금 또는 과료의 벌칙을 만들 수 있으며, 소속 관리를 감독하고, 奏任文官의 진퇴는 내각총리대신을 거쳐 상주하고, 判任文官 이하의 진퇴는 專行할 수 있다. 또 제국헌법상의 법률사항은 제국의회의 협찬을 거치게 되어 있으며, 특히 조선에서 법률을 필요로 하는 사항은 勅裁를 거치고, 임시긴급을 필요로 하는 경우는 곧 조선총독의 명령으로 이를 규정할 수 있다는 것을 규정하였다. 이 명령을 制令이라 한다.(1911년 3월 법률 제3호) 조선총독부의 조직은 친임관으로 총독을 보좌하며 업무를 통리하고 各部局의 사무를 감독하는 政務總監(사실상의 부총독이나 총독을 대리하는 권한은 없다) 아래 다음과 같이 1관방 5부제로 구성되었다.
- - 총독관방 : 무관실, 비서과, 참사관
- - 총무부 : 문서과, 외사국, 인사국, 회계국
- - 사법부 : 민사과, 형사과, 서무과
- - 내무부 : 서무과, 지방국, 학무국
- - 탁지부 : 서무과, 세관공사과, 사세국, 사계국
- - 농상공부 : 서무과, 식산국, 상공국
위의 직속기관 가운데 내무부, 탁지부, 농상공부는 대한제국 정부의 기구를 축소해서 그대로 존치시켰으나 學部는 내무부의 1국인 학무국으로 축소시켰다. 그리고 통감부 사법청을 사법부로 개조하고, 총무부를 신설하였다. 각 부의 장을 長官이라 부르고, 국의 장에는 칙임인 국장을 두었다. 소속관서는 中樞院, 取調局, 각도, 제학교, 警務總監部(장은 경무총장), 재판소, 감옥, 철도국, 통신국, 전매국, 임시토지조사국(총재는 정무총감), 세관, 인쇄국, 營林廠, 의원 등으로 구성되었다. 이 가운데 중추원의 경우 1910년 9월 칙령 355호로 중추원관제를 공포, 조선총독의 자문기관으로 의장(정무총감), 부의장(전 수상 이완용) 외 조선인으로 顧問 15명, 贊議 20명, 副贊議 35명으로 구성되어 舊慣調査에 큰 역할을 하였다.