해군병지원자훈련소는 육군병지원자훈련소보다 5년 늦은 1943년 8월 1일에 그 규정이 제정되었으며, 동년 10월 경상남도 진해 경화동(慶和洞)에서 개소하였다.
개소 후 6개월이 지난 이듬해 3월에 제1회 수료생을 배출하였고 이들은 모두 일본제국의 해병단에 배속되었다.
 1944년 5월에는 해군특별지원자훈련소 과정을 거치지 않아도 해군특별지원병으로 응모할 수 있도록 관련법령이 개정되었으며, 같은 해 8월에는 해군병지원자훈련소규정이 폐지되었다. 이는 기존 6개월 과정의 육군병지원자훈련소가 1944년 2개월 과정의 군무예비훈련소로 바뀌는 것과 같은 것으로, 6개월 과정의 해군병지원자훈련소 보다 훈련 기간이 짧은 해군병특별지원자훈련소를 운영한 것으로 보인다.  해군병지원자훈련소는 그 훈련과정의 특성상 바닷가에 위치하였다. 1943년에 작성된 [도판1]을 통해 훈련소의 전체 규모와 배치를 알 수 있다. 훈련소는 동서로 긴 장방형의 대지에 조성되었다. 중앙의 도로를 중심으로 서쪽에 6개 동의 병사(兵舍)가 일렬로 계획되었으며, 직교하는 세면장과 변소 건물이 인접하여 계획되었다. 도로의 동쪽에는 각종 사무실과 교실, 병사(病舍)가 위치하였다. 도면에는 열람을 제한하는 ‘秘’ 날인과 검열도장이 찍혀 있는데, 검열도장의 내용은 '검열제, 소화18, 11.17, 진해경비(檢閱濟, 昭和18.11.17, 鎭海警備府)'이다.
 [도판2] 역시 1943년에 작성된 도면으로 해군병지원자훈련소의 일부와 지형을 보여주는 실측평면도(實測平面圖)이다. 도면에는 '소화18년10월실측(昭和拾八年拾月實測)'이라 기재되어 있으며, 이 지역은 진해읍 경화동(慶和洞)이라고 기재되어 있다. [도판1]과 마찬가지로 이 도면에도 ‘秘’ 날인과 진해경비부의 검열인이 찍혀 있어, 군사시설 도면에 대한 보안검열 과정이 있었음을 알 수 있다.
 [도판3]은 훈련소 1호병사(一號兵舍)의 모습을 보여주는 설계도이다. 병사(兵舍)는 목조 2층 건물로 계획되었다. 중앙과 양단부에 계단실을 두고, 중앙 복도 좌우로 실들이 배치되었는데, 1층에는 각과교실(各科敎室)이 늘어서 있다. 2층에는 훈련병이 머무르는 병원실(兵員室)과 분대장실, 부속실들이 계획되었다. 2층의 병원실은 내부에서 칸막이가 구획되지 않고, 전체가 한 공간으로 개방된 형태로 계획되었으며, 외벽쪽으로는 선반을 두어 수납공간으로 사용하였다. 이 해군병지원자훈련소 병사의 모습은 조적조 건물에 침실이 각각 방으로 구획되어 있다. 교사와 병사가 분리되어 있는 육군병지원자훈련소의 모습에 비해, 그 시설이 매우 열악하다고 할 수 있다.
 [도판4]와 [도판5]는 변소와 세면장의 평면도와 입면도이다. 이 건물 역시 단층 목조 건물로 계획되었는데, 병사와 병사 사이를 잇는 회랑 좌우에 대칭으로 변소와 세면장이 계획되었다. 도면에서 보이는 변소의 규모는 매우 커서 당시 훈련소의 훈련 인원의 규모를 상징적으로 보여주고 있다.
 [도판6]은 해군병지원자훈련소의 병원팽취소(兵員烹炊所, 취사장)의 도면이다. 그런데 [도판7]인 해군병특별지원자훈련소의 팽취소(烹炊所) 도면에 [도판6]과 동일한 건물을 설계 변경하는 내용이 기록되어 있다. 따라서 해군병지원자훈련소와 해군병특별지원자훈련소는 동일시설의 다른 명칭이거나, 연속적으로 해군병특별지원자훈련소로 개편되어 운영된 것으로 추측할 수 있다.

<참고 도판>
도판1. 배치도, 1943년
도판2. 해군병지원자훈련소부지실측평면도(진해읍경화동지내), 1943년
도판3. 해군병지원자훈련소청사기타신축공사설계도/ 일호병사지부, 1943년 추정
도판4. 해군병지원자훈련소청사기타신축공사설계도/ 병원변소급세면소지부/17, 1943년 추정
도판5. 해군병지원자훈련소청사기타신축공사설계도/ 병원변소급세면소지부/18, 1943년 추정
도판6. 해군병지원자훈련소병사기타급수병취반설비공사설계변경도/ 급수설비공사지부, 1943년 추정
도판7. 해군병특별지원자훈련소병사기타신축공사설계도/ 팽취소변경평면, 1944년 추정