허정 과도정권 시기 내각제 개헌이 이루어지고 7.29총선을 통해 출범한 제2공화국은 자유당 시절의 반민주행위자와 부정축재자들에 대한 조속하고 철저한 청산 요구에 직면하였다.
그러나 1960년 10월 8일 서울지법에서 4.19 발포자, 3.15부정선거 관련자, 정치깡패 등에 대해 징역 3년 이하의 가벼운 형벌이 선고되자, 4.19시위중 부상당한 학생들이 국회에 난입하여 이를 규탄하는 사태가 벌어졌다.
이러한 비난 여론을 감안하여 국회는 1960년 11월 개헌을 통해 ‘반민주행위자 공민권제한법’, ‘부정선거관련자 처벌법’, ‘부정축재자 특별처리법’, ‘특별재판소 및 특별검찰부 설치법’ 등 4개의 특별법을 제정하였다. 특별법에 따라 자유당 정권 시기 관료로 활동했던 609명의 공민권이 제한되었으며, 특별검찰부는 공소시효 종료시점인 1961년 2월 28일까지 수사를 진행하였다.
그러나 이러한 특별법과 특별검찰부의 활동에도 불구하고 장면정권의 반민주행위자에 대한 청산작업은 미진하였으며, 5.16 군사정변 직후 부정부패 일소 차원에서 다시 수사와 재판이 진행되었다.