민사재판은 1956년5월 22일 개정하여 6회의 공판을 거친 후 8월 10일 신초식과 송용고에게 무기징역을 언도했다.이에 신초식, 송용고는 항소하여 같은해 11월9일 2심 판결공판에서 또 다시 무기징역을 언도 받고 상고했다. 1957년 4월 19일 신초식과 송용고 없이 열린 3심 판결공판에서 판사는 원심을 파기하고 이들에게 각각 사형을 언도, 같은 해 12월 27일에는 재심청구를 기각, 사형판결이 확정되기에 이르렀다.
한편 허태영과 이유회의형집행을 앞두고 있던 1956년 11월, 저격의 배후가 있었음을 주장하는 황운하(허태영의 처)의 탄원서가 제출되었다. 수사를 위한 특별조사위원회가 구성되었고, 1956년 12월9일 관련인 6명을 군법회의에 회부, 또 다시 군사재판이 개정되었다. 군장성들을 대거 출두시키고 장장 54회에 걸쳐 진행된 김창룡 저격 사건'추소군재'는 1957년 4월 17일의 판결공판에서 저격의 배후로 최종 지목된 강문봉에게 사형을, 공국진에게 징역7년, 강홍모, 성정보, 백학규에게 각각 징역 3년을 언도했다. 이틀 후인 4월19일 이승만은 대통령 직권으로 강문봉을 무기징역으로 감행했다. 같은 날 신초식과 송용고는 3심 공판에서 원심보다 무거운 형량인 사형을 언도받았다. 강문봉의 감형이 있은 후에도 허태영과 이유회에게 언도된 사형 판결은 유지되었다.