일제는 한일합방과 더불어 1910년 8월 29일 식민통치의 기관 설립을 위하여 ‘조선총독부 설치에 관한 건'(칙령 제319호)을 공포하였다. 이 칙령에 의하면, 조선에 조선총독부를 설치하고 조선총독은 위임의 범위 내에서 육해군을 통솔하고, 일체의 정무를 통할할 수 있게 되었다. 그러나 당분간은 종전의 統監府와 소속관서를 존치시켜 조선총독의 직무를 맡겼다. 또한 內閣과 表勳院을 제외한 대한제국 소속의 기관을 총독부의 소속관서로 간주하여 정무의 집행을 담당하게 하였다. 1개월 뒤인 9월 30일 ’통치기관의 통합, 지방기관의 충실, 인원의 선택배치, 경비절감' 등 새로운 관제 시행을 위해 조선총독부와 소속관서관제(칙령 제354호)를 공포하고, 10월 1일부터 시행하였다.
이에 따라 조선총독은 직권 또는 특별한 위임으로 朝鮮總督府令을 발하고, 이에 1년 이하의 징역이나 금고, 구류, 200엔 이하의 벌금 또는 과료의 벌칙을 만들 수 있으며, 소속 관리를 감독하고, 奏任文官의 진퇴는 내각총리대신을 거쳐 상주하고, 判任文官 이하의 진퇴는 專行할 수 있다. 또 제국헌법상의 법률사항은 제국의회의 협찬을 거치게 되어 있으며, 특히 조선에서 법률을 필요로 하는 사항은 勅裁를 거치고, 임시긴급을 필요로 하는 경우는 곧 조선총독의 명령으로 이를 규정할 수 있다는 것을 규정하였다. 이 명령을 制令이라 한다.(1911년 3월 법률 제3호) 조선총독부의 조직은 친임관으로 총독을 보좌하며 업무를 통리하고 各部局의 사무를 감독하는 政務總監(사실상의 부총독이나 총독을 대리하는 권한은 없다) 아래 다음과 같이 1관방 5부제로 구성되었다.

• - 총독관방 : 무관실, 비서과, 참사관
• - 총무부 : 문서과, 외사국, 인사국, 회계국
• - 사법부 : 민사과, 형사과, 서무과
• - 내무부 : 서무과, 지방국, 학무국
• - 탁지부 : 서무과, 세관공사과, 사세국, 사계국
• - 농상공부 : 서무과, 식산국, 상공국

위의 직속기관 가운데 내무부, 탁지부, 농상공부는 대한제국 정부의 기구를 축소해서 그대로 존치시켰으나 學部는 내무부의 1국인 학무국으로 축소시켰다. 그리고 통감부 사법청을 사법부로 개조하고, 총무부를 신설하였다. 각 부의 장을 長官이라 부르고, 국의 장에는 칙임인 국장을 두었다. 소속관서는 中樞院, 取調局, 각도, 제학교, 警務總監部(장은 경무총장), 재판소, 감옥, 철도국, 통신국, 전매국, 임시토지조사국(총재는 정무총감), 세관, 인쇄국, 營林廠, 의원 등으로 구성되었다. 이 가운데 중추원의 경우 1910년 9월 칙령 355호로 중추원관제를 공포, 조선총독의 자문기관으로 의장(정무총감), 부의장(전 수상 이완용) 외 조선인으로 顧問 15명, 贊議 20명, 副贊議 35명으로 구성되어 舊慣調査에 큰 역할을 하였다.

일제 초기의 관제는 1919년 3·1운동을 계기로 크게 변화되었다. 일제 당국자들은 조선인들의 독립운동을 심각하게 받아들이고 과거와 같은 무단적 통치 방식에서 유화적 통치로 스스로 변경하였다. 주된 방향은 조선인들의 요구 사항을 일부 수용하면서도 문치적 방식의 변화를 추구하였다. 1919년 8월 19일, 原敬 내각시대에 조선총독부관제의 획기적인 개정(칙령 제386호)이 공포되어, 20일부터 시행되었다. 주요 내용은 총독 임용의 범위를 확장시킴과 더불어 "총독은 천황에 직예하며 위임된 범위 안에서 육해군을 통솔하여 조선방비를 관장한다"는 조항을 삭제하고, "安寧秩序의 保持를 위해 필요하다고 인정될 때는 조선에서 육해군의 사령관에게 병력 사용을 청구할 수 있다"고 개정하였다. 이에 따라 문관 출신자의 총독임용의 길을 열어놓았으나 실제로 등용된 예는 없다.
개정과 더불어 헌병경찰제도를 폐지하여 경무총감부와 각도 경무부 등도 폐지하고, 도지사가 경찰권을 행사하게 되었다. 또한 종래 헌병분대, 분견소 때문에 경찰서를 두지 않았던 지방에도 경찰서와 주재소를 설치하였다.
총독부의 조직도 바뀌어, 종래의 내무부, 탁지부, 농상공부, 사법부를 내무국, 재무국, 식산국, 법무국의 4국으로 바꾸고, 종전 내무부에 부속한 학무국을 총독 직속의 국으로 승격시켰으며, 종래 독립관청이었던 경무총감부를 폐지하고 본부에 경무국을 두었다. 또한 총독관방의 총무국, 토목국, 철도국을 각각 서무부, 토목부, 철도부로 바꾸었다. 결국 총독부 본부는 다음과 같이 6국3부제로 되었다.

• 총독관방 : 비서과, 참사관실, 외사과
• 서무부(문서과, 회계과, 통계과, 임시국세조사과, 인쇄소)
• 토목부(토목과, 영선과)
• 철도부(감리과, 공무과)
• 내무국 : 제1과, 제2과, 관측소
• 재무국 : 세무과, 관세과, 사계과, 理財課, 전매과, 임시관세조사과
• 식산국 : 농무과, 산림과, 수산과, 상공과, 광무과
• 법무국 : 법무과, 감옥과
• 학무국 : 학무과, 편집과, 종교과
• 경무국 : 경무과, 고등경찰과, 보안과, 위생과

연초 전매 실시에 맞추어 1921년 3월 30일 공포, 4월 1일 시행한 칙령 제53호로 전매국을 본부에 신설하여 인삼·연초·소금·아편에 관한 사무를 관장하였다.
1920년 11월 산미증식계획을 수립함에 따라 식산국에 토지개량과를 신설하여 농업수리·토지개량·국유미간지 개척 등의 사무를 관장하였다. 이어 산미증식계획의 진전에 따라 1926년 6월 새로 水利課와 開墾課을 설치하고, 다시 1927년 5월 토지개량부를 신설, 위의 3과를 통할하였다. 그리고 종래 국유임야 사업을 산림과출장소,지방청,영림창 세 곳에서 나누어 관장함으로써 일어나는 폐해를 없애기 위해 1926년 6월 중앙기관으로서 山林部(林務課, 林産課, 造林課)를 신설하여 林政기관을 통일시켰다. 1932년 7월 27일 산림부와 토지개량부를 페지하고 두 기관이 분장해 오던 업무와 식산국에 속했던 농림, 축산 업무 등 농촌을 대상으로 하는 업무를 일괄 관장하는 농림국을 신설하였다. 1924년 12월 20일 '일반행정·재정정리' 방침에 따라 본부 관제를 개정하여(칙령 제411호), 기구를 줄이고 동시에 본부와 소속관서의 인원을 대대적으로 감축하였다. 우선 총독관방에 속한 서무부, 토목부와 監察官·鑑査官을 폐지하고, 서무부의 업무는 관방으로 토목부의 업무는 내무국으로 이관시켰다. 법무국의 기구도 축소하여 민사과와 형사과를 법무과로 통합, 감옥과의 감옥 업무를 소속관서인 감옥으로 이관시키면서 형무소와 가출옥 및 출옥인 보호를 관장하는 行刑課로 개칭하였다.
이렇게 해서 1925년도의 총독부 본부는 6국체제로 정비되어 제2기의 기본 골격을 갖추게 되고, 1932년에 산림부와 토지개량부를 통합하여 만든 농림국을 추가하여 1937년까지 유지되었다. 한편 소속관서에서 주요 변화는 세무감독국을 설치한 점이다. '제2차 세정정리'에 맞추어 1934년 4월 조선총독부세무관서관제(칙령 제11호)를 공포하였다. 관서로는 경성·평양·대구·광주·함흥에 각각 세무감독국과 전국의 주요 지역 99곳에 세무서를 설치하였다. 세무감독국에는 서무과와 稅務部(直稅課, 間稅課), 경리부(징수과, 회계과)를 세무서에는 서무과와 직세과, 간세과를 각각 두어 1943년 11월 30일까지 세무업무를 관장하였다.

1937년 7월 7일 중국을 침략한 일본은 식민지 조선을 전쟁을 효율적으로 수행하기 위한 총동원체제로 재편하였다. 이에 따라 조선총독부의 기구도 총동원 체제에 적합하게 전면적으로 개편되어 패전 때까지 조선의 인적·물적 자원을 최대한 수탈하는 역할을 하였다. 제3기는 크게 1) 총독부의 기구를 총동원 체제로 재편하는 시기와 2) 1942년 11월 1일 이른바 '내외지 행정일원화' 조치로 척무성을 폐지하고 대동아성을 설치하여 일본 정부가 직접 식민지의 행정 업무를 관장하려는 시기로 나눌 수 있다.

1936년 8월 5일 제7대 조선총독으로 취임한 南次郞은 중일전쟁이 일어나기 4일전인 7월 3일 대대적인 인사이동을 단행하는 한편 본격적인 전시체제로 돌입하기 위한 기구 정비에 들어간다. 기구상의 주요변화를 국별로 보자.

1) 총독관방

1937년 9월 문서과에서 취급하던 자원조사와 총동원계획 사무를 분리하여 물자동원계획·생산력확충계획 등 기획 업무를 관장하는 자원과를 신설하였다. 1939년 11월 28일 자원과와 식산국의 임시물자조정과(1938.9.28, 물자의 수급과 조정)를 통합시켜 기획부를 신설하였다. 설치 당시는 3課였으나 이듬해 7월 1일 제4과가 설치되었다. 기획부는 국가총동원 계획의 수립과 수행에 관한 종합사무, 시국에 긴요한 물자의 배급과 조정에 관한 사무를 관장하는 동원체제의 핵과 같은 역할을 수행하였다. 그리고 1939년 8월 2일 관방 소속의 외무부를 승격시켜 외무과와 척무과를 둔 외사부를 신설하였다. 1940년 10월 국민총력조선연맹이 발족되는 것을 계기로 학무국에서 관장하던 국민총동원 업무를 관방으로 이속시킴과 동시에 본부와 각도에 국민총력과를 신설하였다.

2) 식산국

1938년 5월 20일 광산과에서 관장하던 産金 업무를 분할하여 産金課를 신설하고, 9월 28일 상공과에서 액체연료의 자급 촉진과 수급 조절에 관한 사무와 광산과에서 석탄의 이용과 수급에 관한 사무를 분리하여 연료과를 신설하였다. 그리고 가격통제령 이후 관련 업무가 폭증함에 따라 1940년 2월 29일 물가조정과를 만들고, 경기도·경상남북도·평안남도 각도에도 물가와 물자조정을 위한 1課를 신설하였다.

3) 농림국

1938년 8월 8일 '군수축산자원의 정비·확보와 銃後 농촌경제의 충실'을 목표로 畜産課를 독립시켰다. 1940년 2월 3일 미곡과 잡곡의 생산가격·수량과 배급을 일원적으로 통제하기 위해 미곡과(1936)를 糧政課·食糧調整課로 개정하여 미곡에 관한 기구를 강화하였다.

4) 경무국

1939년 2월 3일 防空과 消防·水防에 관한 사무를 관장하는 防護課를 설치하였다. 당초 방공사무는 총독부 관방문서과에서 주관했으나 1937년 9월 자원과가 신설되면서 防空係를 두어 처리하였다. 이후 경무국 경무과에서 주관하던 消防·水防사무와 통합하여 방호과로 독립한 것이다. 1943년 12월 경비과로 개칭하면서 경무과의 경위·경비사무까지 관장하게 되었다. 전시통제경제의 확대로 1938년 11월 경제경찰제도가 만들어지면서 경무과에 경제경찰계가 신설되고, 1940년 2월 3일 경제경찰과로 분리·독립하였다.

이밖에 1939년 7월 1일 학무국 소관의 관측소를 독립시켜 기상대로 개칭하고, 철도국에서는 1938년 6월 28일 工務課를 保線課(선로와 건조물·철도용지 관리)·改良課(선로와 건조물 개량)로 분할하였다. 법무국의 경우 1939년 12월 27일 법무과를 민사·형사 양과로 분할하여 분장하였다. 그리고 사상범을 감시하기 위해 1936년 12월 21일 경성, 함흥, 청진, 평양, 신의주, 대구, 광주 등 전국 7개 지역에 보호관찰소와 보호관찰소심사회 설치하였다. 1941년 11월 19일 厚生局을 신설하고, 내무국을 司政局으로 개조하는 부분적인 개편이 있었다. 개편된 기구를 정리하면 다음과 같다.

사정국 :

(신설) 지방과·토목과(내무국에서 이관), 외무과·척무과(외사부에서 이관) 국민총력과(총독관방에서 이관)

식산국 :

상공과, 산금과, 연료과, 수산과, 전기제1과·제2과(체신국에서 이관), 물가조정과(기획부에서 이관), 鑛政課·특수광물 과(광산과를 분리 개조)

후생국 :

(신설) 사회과·노무과(내무국에서 이관), 위생과(경무국에서 이관), 보건과

기획부 :

계획과·물자조정제1～제3과(제1～제4과를 개칭)

이 시기의 가장 큰 특징은 조선총독의 권한이 축소되었다는 점이다. 1942년 11월 1일 대동아성이 설치됨과 동시에 조선총독에 관한 규정이 바뀌었다.(칙령727호, 729호) 즉 종래 총독은 제반의 정무를 統理하고, 내각총리대신을 거쳐 상주하거나 재가를 받게되었으나, 새로 "내무대신을 거쳐 내각총리대신을 경유한다"고 바뀌었다. 또한 내무대신은 총독에 대해 조선총독부에 관한 사무의 "통리상 필요한 지시"를 할 수 있게 되었다.(대만총독의 경우는 "통리를 위해 감독상 필요한 지시"를 할 수 있다고 되어 있다) 나아가 일정한 주무사무에 대해 총리·내무대신 이외의 각 대신도 감독할 수 있다고 정했다. 과거 어떤 대신에게서도 행정감독을 받지 않았던 조선총독이 처음으로 피감독자의 지위에 서게 된 것이다.
동시에 '행정합리화'라는 취지의 관제개정을 실시하여 후생국·기획부를 폐지하고 총무국을 신설하는 기구개편을 단행하였다. 후생국과 기획부를 폐지한 것은 그동안 식민통치에 대해 조선총독부의 독자성을 인정하는 관례에 제한을 가한다는 의미도 있었다. 따라서 개편의 주요내용은 다음과 같이 두 기관의 통폐합과 관방의 기구 축소로 나타났다.

• 총독관방 : 비서관실, 인사과, 회계과
• 총무국 : (신설) 문서과, 기획실, 정보과, 국민총력과, 감찰과, 국세조사과(1943년 10월 조사과로 개칭)
• 사정국 : 지방과, 외무과, 사회과, 학무과, 토목과
• 식산국 : 물가과, 철강과, 산금과(1943년 5월 광업정비과로 개칭)
• 법무국 : 보호과(1942년 설치)
• 학무국 : 鍊成課, 편수과(편집과를 개칭)

1943년 중앙정부에 군수성·농상성·운수통신성이 신설되는 것에 맞추어 조선총독부도 12월 1일 대대적으로 행정기구를 개혁하였다. 식민지 조선에서 식량의 증산, 지하자원 기타 군수물자의 개발증산, 육해수송력 증강, 징병 기타 이적 자원의 수탈을 위해 행정기구를 일원적 통합체제로 대폭 축소개편한 것이 개혁의 특징이다. 그 주요내용은 다음과 같다.

• 1) 총무·사정·식산·농림·철도·전매의 6국을 폐지하고 광공·농상·교통의 3국을 신설하여 8국으로 개편하였다.
• 2) 식산국과 농림국의 사무를 대체로 農商局(식량확보를 중심으로 한 국민생활관계의 사무의 일원적 처리)과 鑛工局(군수물자 증산에 필요한 물자동원계획, 전력, 목재, 도로, 노무 등의 사무의 일원적 처리)으로 분속하였다. 농림국의 사무 중 산림부문을 제외하고 새로 상공부문을 포함하여 농·수산·상업과 생활필수물자의 생산과 배급을 관장하는 農商局을 신설하였다.
• 3) 철도국, 통신국과 세관의 관제에 근본적인 개정을 가했다. 조선내의 만주국경 지점과 대일본항만에서의 연락수송을 원활하게 하기 위해 세관기구를 교통수송의 담당기관과 통합하는 것이 상책이라고 판단하였다. 이에 따라 세관관제를 폐지한 뒤 관세법 계통사무는 총독부 재무국으로, 기타 일체의 사무는 철도국으로 이관하였다. 동시에 육해수송을 일관되게 하기 위해 종전의 조선총독부철도국을 중심으로 여기에 체신관서의 해사행정을 담당하는 부문과 항공 부문, 그리고 조선총독부 사정국의 항만토목을 담당하는 부문을 통합하여 조선총독부교통국 관제를 제정하고, 지방교통기구에 대해서도 이를 강화하였다.
• 4) 총독부의 토목사무의 일부를 도로 이관하고, 영림서를 도지사의 관할 아래 두었다. 도에서는 산업부와 식량부를 광공부와 농상부로 개조하였다. 또한 세제의 정비확립에 따라 1934년에 특설된 세무감독국을 폐지하고, 각지의 세무서는 직접 도지사의 관할 아래 두고, 도재무부를 부활하여 국세와 지방세 사무, 그리고 시국하의 회사경리사무를 관장하게 하였다. 이는 지방관청으로서 종합행정력을 강화하고 최대한 독립적인 지방의 각 관청을 폐지하여 이를 도지사의 지배 아래 통합시키기 위한 것이었다. 읍면에 국가의 관리를 배치한 것도 이 때문이다.

[출처 : 김민철 ‘조선총독부의 기구와 변화’(www.banmin.or.kr), 김운태의 ‘일본제국주의의 한국통치’(1999,박영사)]