3·15 부정선거를 계획하고 주도한 내무부 핵심 피고인은 당시 내무부장관 최인규, 내무부차관 이성우, 치안국장 이강학이었다. 최인규는 내무부장관이라는 자신의 지위를 이용하여 경찰뿐만 아니라 전국 공무원과 그 가족을 선거운동에 동원하고 부정선거의 구체적인 방법을 제시하고 실행하게 한 사실상 3·15 부정선거를 총지휘했던 점이 인정되어 사형을 선고받았다. 이강학은 1959년 3월 말경 치안국장에 임명되었으며, 3·15 부정선거에 있어서 경찰의 불법적 선거운동을 적극적으로 주도한 자로서 특정과장, 경찰국장, 사찰과장 등에게 최인규가 지시한 부정선거방법을 구체적으로 지시하고 부정선거계획의 실천여부를 점검하였다. 이강학은 부정선거에 적극 협조하고 항거한 국민에게 폭력을 행사한 점이 인정되어 징역 15년을 선고받았다. 이성우는 당시 내무부차관이었으며, 최인규의 명령에 따라 치안국장 이강학과 함께 각 도지사, 경찰서장, 군수, 시장 등을 불법 선거운동에 동원하고 선거에 소요될 자금을 조달, 전국 공무원에게 배분하기도 하였다. 이성우는 부정선거에 적극 조력한 혐의가 인정되어 징역 5년을 선고받았다.
최인규는 취임연설에서부터 자유당 입후보자의 당선을 위한 선거운동을 지시했으며, 이를 위해 공무원 및 공무원 가족 친목회를 조직하여 선거에 동원하고 구체적으로 ‘전출자 및 자연기권자를 활용할 것’,‘3인조·9인조를 구성하여 공개적 투표를 실시할 것’,‘자유당 완장을 두른 부대를 동원할 것’, ‘민주당 참관인을 매수할 것’ 등을 지시했다. 이러한 지시에 저항하거나 실행에 옮기지 못할 때에는 직위을 박탈할 목적으로 사전에 사표를 제출케 하여 받아 놓았을 정도로 치밀하게 부정선거를 기획했던 인물이었다.
3·15 부정선거에 대한 최인규의 구상과 계획을 주도면밀하게 실천한 인물이 치안국장 이강학이었다. 이강학은 좀더 구체화되고 세밀한 부정선거 방법을 강구하여 각 특정과장, 경찰국장, 사찰과장 등에게 지시했다. ‘4할 사전투표’ 방법이 그것인데, 이강학은 변론요지(기록 18)에서‘4할 사전투표’는 자유당 수뇌 혹은 자유당 수뇌의 승인을 받은 최인규의 지시였으며 자신은 단지 그 시행자에 불과하다고 변론하고 있다. 이강학은 부정행위 도중 발생하는 저항에는 폭력을 불사하라는 지시까지 내렸다. 또한 부정선거에 관한 지시가 제대로 실천되고 있는지 확인하는 치밀함을 보이기도 했다.
최인규는 부정선거를 위한 자금으로 자유당선거대책회 기업위원인 한 은행의 총재로부터 1960년 2월 초 10억 7천만환을 전달받아 사용했다. 이강학은 이를 각 경찰소 10개소에 100만환씩, 경찰서 166개소에 250만환씩, 지서파출소 1,968개소에 8만환씩, 투표구 담당 경찰관 7,107명에게 6만환씩 배분했다. 내무부 공무원과 교육공무원에게도 총 2억 4천만환에 달하는 선거운동자금을 제공했다. 이와 같이 부정선거의 방법이 총동원 된 가운데 경북 대구시 개표소의 중간집표 결과 자유당이 99.4%의 득표율을 보여 자유당 득표율이 예상보다 훨씬 초과하게 되었다. 최인규는 이러한 개표 결과가 결국 국내외에 부정선거 감행을 폭로하는 결과를 초래할 것을 우려, 이를 은닉할 목적으로 자유당 득표수를 삭감할 것을 지시했다. 1960년 3월 15일 최인규는 전국 경찰에 이승만의 득표율을 80%, 이기붕의 득표율을 70~75%로 삭감하라고 지시하여 감표케 하였다.

최인규는 변론요지에서 3·15 정부통령 선거와 관련된 자신의 행위가 부정선거의 핵심과 무관하다는 점을 주장했다. 즉, 공무원을 선거에 동원한 점, 자유당 득표율이 예상보다 초과할 것을 막기 위해서 감표을 감행한 점 등은 인정했지만 이러한 행위들은 부정선거의 핵심이 아니라고 강조했다. 그가 말하는 부정선거의 핵심은 바로 ‘4할 사전 투표’, ‘공개투표 참관인의 축출’이며 이것은 자신의 행위와 무관하다는 점을 피력했다.
그러면 최인규가 생각한 부정선거의 핵심인 ‘4할 사전 투표’나 ‘공개투표 참관인의 축출’의 책임은 누구한테 있는가. 이에 대해서 최인규는 이강학의 행위에 대해서 진술하고 있다. 자신은 3·15 선거의 핵심적인 부정에 대해서 알지 못했다는 최인규는 증인으로 출두한 군수나 경찰국장, 서장 등의 증언을 인용하여 자신으로부터 부정선거 지시를 받은 사람이 없었다고 주장하며, 이들은 모두 이강학으로부터 지시를 받았다고 진술한 점을 강조했다. 즉, 치안국장 이강학이란 인물이 없었더라면 3·15부정선거는 있을 수 없었다는 것이 최인규의 주요한 진술이다.
또한, 최인규는 자신이 예상한 부정선거가 그처럼 완전히 부정을 하는 선거가 아니었으며, 이강학은 각 지역 군수, 경찰서장 등을 내무부에 소환하여 지시 전달한 바를 실천에 옮긴 것이라고 하나 이강학이 인정하였듯이 최인규 자신은 이강학에게 직접 부정선거를 지시한 사실이 없다고 항변했다.
부정선거의 구체적인 실천을 감행한 이강학에게 모든 책임을 떠넘기는 듯 보였던 최인규는 사실상 특별재판부가 이런 거대한 부정선거의 책임을 자신이나 이강학에게만 추궁하는 것은 가혹한 일이라며, 이승만과 이기붕의 권력욕이 없었더라면, 이승만 대통령이 4선을 기도하지 않았더라면 이와 같은 부정선거는 없었을 것이라고 주장했다.

이강학은 자신이 치안국장이란 일개 직업공무원으로 상부의 명령을 따를 수 밖에 없었으며, 상부인 최인규 내무부장관의 지시를 실천했을 뿐, 부정선거를 주도하였거나 적극 협조했다고 할 수 없다고 변론했다.
이강학에 따르면, 최인규는 자신을 빗대어 ‘자유당이 보낸 탄환이다.’, ‘공무원은 선거운동을 할 수 있다’고 주장했다고 한다. 부정선거의 핵심은 4할 원칙은 자유당이 창안하여 최인규에게 강요했거나, 최인규가 창안하여 자유당에 승인을 받은 것이 틀림없다며, 자신은 군과 경찰에서 상명하복을 신조로 살아온 자로서 최인규의 밑에서 상부의 명령에 복종하지 않을 수 없었다고 변론했다.
무엇보다도 선거에 대한 일차적인 책임은 선거위원에 있는 것이고 경찰은 선거위원의 의사에 반하여 부정을 감행했다 함은 있을 수 없다. 따라서 3·15 부정선거의 책임은 자유당과 그 간부, 그리고 공정한 선거를 책임지는 선거위원회와 그 책임 하의 내무부, 지방국의 공동책임이라 할 것이며 일개 직업 공무원인 치안국장에게 책임을 지우고자 함은 납득할 수 없는 일이라 항변했다.

이성우는 내무부 차관으로서 장관의 명에 따라서 부내 사무를 총괄하고 장관을 보좌하는 등 마땅히 차관으로서 그 직임을 유지하고 있었던 것일 뿐, 자신은 최인규 내무부장관과 이강학 치안국장의 틈에 끼어서 직접 부정선거에 관여한 바 없다고 변론했다. 또한 자신도 일반 국민과 마찬가지로 3·15 정부통령 선거가 정당하지 못한 선거로 치닫게 되는 상황을 무척 우려했다고 진술했다.
자신이 부정선거에 관여하지 않았다는 점은 심리에 출석한 인천시장 등 각 증인들이 한 목소리로 ‘피고인 이성우로부터 부정선거에 관하여 지시를 받은 사실이 없다’고 한 진술이 뒷받침이 되며, 자신은 최인규 내무부장관, 이강학 치안국장, 최병환 지방국장 등이 부정선거와 관련하여 구체적인 지시를 하는 자리에 참석한 사실이 없다는 점을 강조했다.
따라서 부정선거에 직접 관여하지 않은 자신이 부정선거관련자처리법 제4조 ‘부정선거의 모의를 하거나 부정선거 실시에 궁극적으로 참여 또는 협조한 자는 1년 이상 10년 이하의 징역 또는 금고에 처한다’을 자신에게 적용한 검찰의 기소사실은 납득할 수 없다고 주장했다.

특별검찰부의 대한반공청년단 단장인 신도환의 공소죄명 변경 문건이다. 1960년 5월 31일 서울지방검찰청이 신도환을 대통령부통령선거법 위반으로 기소되었는데, 1961년 3월 14일 특별검찰부는 새로 제정된 부정선거관련자처벌법 위반으로 공소사실을 변경하였다. 변경된 공소내용을 보면, 신도환은 자유당의 전위부대의 성격이 짙은 대한반공청년단 단장으로서 3·15정부통령선거가 치러지는 과정에서 자유당의 영구집권을 목적으로 행정부의 조직적 부정계획이 추진되고 있다는 것을 인지하였음에도 불법선거운동을 주도하였다는 것이다.
또한 신도환이 자유당 정부통령 후보 이승만과 이기붕을 당선시키기 위해 전국 반공청년단원 약 2백만 명과 그 가족 약 4백만 명을 선거운동에 총동원할 것을 지시하고 1960년 2월 10일경 자유당 중앙당부로부터 선거자금 명목으로 1억 환을 받아 2월 28일부터 3월 10일경까지 반공청년단 조직 강화라는 미명 아래 각 도단부에는 30만원씩, 각 시·군·읍·면단부에는 5만 내지 1만원씩을 배부하는 등 부정선거 과정에서 주도적 역할을 하였음을 보고하고 있다.

1960년 11월 19일 이정재의 특수협박 특수폭행치상과 살인미수사건의 민주반역자에 대한 형사사건 임시처리법의 위반여부 결정 제청신청에 대한 서울고등법원의 결정서이다.
이정재의 변호인은 민주반역자에 대한 형사사건임시처리법을 3.15부정선거 이전의 폭력범에게도 적용하는 것은 위헌이라고 주장하였으나 재판부는 각하 판정을 내렸다.
민주반역자에 대한 형사사건 임시처리법은 1960년 4·19혁명 직후 열린 판결에서 4·19 발포명령사건 관련 유충렬(서울시 경찰국장국장)과 백남규(서울시 경비과장)에게 각각 사형과, 무기징역이 선고되었을 뿐 나머지 부정선거를 주도한 관련 피고인들에 대해 재판부가 예상에 훨씬 못 미치는 낮은 형량을 선고하자 이에 항의하는 국민들의 저항이 거세졌다.
이에 국회는 여론의 힘에 밀려 ‘민주반역자에 대한 형사사건 임시처리법안’을 서둘러 통과시켰는데, 이 법은 부정선거관련자, 정치적 폭력배 또는 모해행위 등 민족반역자를 처벌하기 위해 당시 법원에 계류 중인 형사사건을 중지시키는 동시에 형사소송법의 규정에도 불구하고 구속기간을 연장하여 민족반역자를 가중처벌하기 위한 목적으로 제정되었다. 임시처리법 제정으로 국회는 관련 재판을 중지시키고 4개의 특별법안(부정선거관련자처벌법안, 특별재판소 및 특별검찰부 조직법안, 부정축재처리법안, 반민주행위자 공민권 제한법안)을 마련하게 된다.

특별검찰부는 수사결과를 바탕으로 1961년 3월 15일 신도환, 임화수, 유지광, 임상억, 강승일, 문○○, 차순환, 백청일, 원민수, 이수보, 김재운, 강○○에 대하여 소위 ‘정치깡패’들에 대해 부정선거관련자처벌법 위반을 적용하여 공소를 제기하였다. 이 공소장은 1960년 5월 서울지방검찰청에서 제기한 특수폭행치상, 집합명령위반 공소장에 대해 부정선거관련자처벌법 위반으로 죄명 변경을 신청하는 보고이다.
공소내용을 보면 1960년 4월 18일 오후 1시경 반공청년단장 신도환, 반공청년단 종로구단장 임화수, 동부특별단장 유지광은 고려대학교 학생 약 2천여 명이 3·15정부통령선거를 규탄하는 시위를 시작하자 자유당의 전위부대인 대한반공청년단원 백여 명을 동원하여 집단폭행하여 데모대를 저지할 것을 결의하고 오후 2시30분 신도환은 임화수와 유지광에게 단원을 전부 소집하라고 지시하고 임화수는 유지광에게, 유지광은 동부특별단원에게 집결명령을 내렸다고 한다. 이들은 수단방법을 가리지 않고 시위군중에게 집단폭행을 가해서 중앙청 앞을 지나가지 못하도록 할 것은 물론 싸울 때 반공청년단원은 손에 붕대를 감고 장갑을 끼고서 싸울 것을 지시하였다는 것이다.
또한 임상억, 차순환, 강승일, 문○○, 백청일, 원민수, 이수보, 김재운, 강○○ 등은 신도환, 임화수, 유지광 등의 명령에 의해 오후 4시경부터 약 2천 고대생들이 부정선거 항의 데모를 실력으로 저지하기 위해 반공청년단원들과 함께 대기하였다. 이들은 데모대가 7시30분경 국회의사당 앞에서 농성을 마치고 학교로 돌아가기 위해 종로4가 천일백화점 앞으로 이동할 때 잠복대기하다 소지하던 나무 몽둥이, 쇠갈고리 등 흉기로 무차별 집단폭행을 감행하여 고대생 40여 명에게 1주에서 2주의 상해를 입힌 혐의가 있다고 보고하였다.

특별검찰부가 작성한 ‘논고문’은 1961년 4월 최인규, 이성우, 이강학, 최병환 등 3·15 부정선거 관련자 처벌법 위반 피고사건에 대한 법률적용 문제 등에 대한 특별검찰부 검찰관의 의견을 개진한 논고이다. 논고문은 ‘인권 회복과 인권의 존엄성을 지키기 위해 3·15부정선거에 저항하여 희생한 영령들에 대한 애도’를 표하면서 시작되는데, 3·15부정선거는 단순한 선거법 위반만이 아니라 헌법의 기본원리를 부정하고 인권의 존엄성을 부정하는 것으로 ‘4·19의거’를 예측하지 못한 범죄에 대한 국민의 실력행사라는 저항권을 역사적 관점에서 고찰하고 있다.
법률적으로는 실정법이 3·15부정선거 같은 기존 법질서를 초월한 비상사태를 상정하지 못한 것을 한계로 지적하여 특별법제정의 법리론적 근거와 부정선거관련자처벌법의 합법성을 설명하고 있다.
또한 논고문은 피고 최인규, 이성우, 이강학, 최병환의 개별적 행위와 공통된 사실로서의 범죄행위를 설명하고 있다. 피고인들은 투표완료 때까지 4할사전투표, 3인조 9인조 공개투표, 완장착용투표, 민주당 참관인 매수 또는 축출 등의 부정행위를, 개표완료 때까지는 운송 도중 투표함 바꿔치기, 개표시 혼표 또는 환표행위 등의 부정행위를 지적하고 있다. 또한 내무부 소속 국가공무원과 지방공무원을 기간으로 하는 10여만 공무원에 의해, 그리고 피고 등을 핵심으로 한 명령계통에 의한 지시로 부정선거가 수행되었다는 점 등을 보고하고 있다.