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1990년대 들어 다기화 되어 있던 산업입지 관련 법률의 통폐합이 이루어졌으며, 현행 산업입지제도는 이의 결과라고 할 수 있다. 「산업기지개발 촉진법」과 「농어촌소득원개발촉진법」, 「지방공업개발법」 등이 「산업입지 및 개발에 관한 법률」로 통·폐합되었으며, 기존의 「공업배치법」과 「공업단지 관리법」 등은 「공업배치 및 공장설립에 관한 법률」로 통·폐합되었다.

「산업입지 및 개발에 관한 법률」은 국가단지, 지방단지, 농공단지 등 모든 산업단지의 효율적인 개발을 위하여 1990년 1월 13일 제정된 것으로, 지정에서 개발이 완료되어 분양에 이르기까지의 일체의 절차를 규정하였다. 또한 산업단지 개발과 관련된 각종 인·허가를 간소화하여 적용하고 있고, 단지 개발에 대한 지원책을 마련하였다는 점은 중요한 의미를 지닌다.

한편, 1993년 정부는 경제개발 5개년계획을 대체하는 '신경제 5개년계획'을 수립하였다. 이 계획은 각종 규제 완화를 통해 민간부문의 적극적인 참여를 유도하는데 중점을 두고 있다. 이러한 과정에서 산업단지 분양가 인하와 규제완화가 현안으로 대두되었다. 따라서 정부는 1995년 「기업활동 규제완화에 관한 특별조치법」을 제정하면서 각종 인허가의 간소화 조치와 산업단지 내 녹지율 특례제도 등을 도입하였다.

1960년대 초반부터 1980년대 까지 우리나라의 산업단지 개발이 국가에 의해 주도되었다면 1990년대는 지방산업단지 개발의 붐으로 표현할 수 있다. 1980년대 말에 지정된 국가산업단지의 장기 미분양은 정부로 하여금 신규 국가산업단지의 지정을 기피하게 하였다. 특히 대불과 북평국가산업단지의 장기 미분양은 국정감사의 연례적인 질문요지의 하나가 될 정도였다.

이 결과 1990년대는 국가산업단지의 신규지정이 거의 이루어지지 않고 대부분 기존 국가산업단지의 확장 사업에 그쳤다. 실질적인 국가산업단지의 신규지정은 1991년 지정된 석문국가산업단지가 유일하다고 할 수 있다. 이에 비해 지방 산업단지의 신규개발은 과열이라고 할 정도로 급격히 증가하였다. 1989년까지 지정된 지방산업단지는 42개소이며, 지정면적은 64㎢였다. 그러나 1990년∼1999년 중에 지정된 지방산업단지는 112개소, 125㎢에 달한다.

1990년대 산업단지 개발에서 문제가 된 것은, 기업의 입지희망 지역에 대한 고려나 지역의 기업유치 역량에 대한 객관적 평가 없이 지방자치단체들이나 민간 실수요 기업이 급작스럽게 산업단지 개발에 뛰어드는 경우가 증가하였다는 점이다. 더욱이 산업단지의 분양가격이 개별입지보다 높은 수준인 상황에서 준농림지역 제도를 도입함으로서 기업의 입지수요가 급격히 개별입지로 이전되었다. 이 결과 지정된 산업단지 중 다수가 지정 후 미개발과 미분양 문제를 야기하였으며, 1990년대 후반 외환위기의 도래로 인해 신규 산업단지 개발은 침체기를 맞이하였다. 1997년부터 2002년까지 5년간 우리나라의 산업단지는 35개소가 신규 지정되었으며, 여기서 공급할 수 있는 공장용지(산업시설용지) 면적은 8㎢에 불과하였다.

그러나 이와 같은 산업단지 개발의 침체는 경기회복 이후 공장용지의 부족을 야기하였으며, 이 결과 2000년대 중반에 들어서는 개별입지 증가로 인한 국토의 난개발이 또 다시 산업입지정책의 현안과제로 대두되었다.

1990년대에 들어 우리나라에서는 전통적인 산업단지 외에 신산업 육성을 위한 새로운 유형의 산업단지개발 움직임이 일어났고, 산업의 첨단화 촉진을 목적으로 1990년 이후 전국적으로 첨단산업단지가 조성되기 시작하였다. 기존의 산업단지는 대부분 생산기능이 주였지만, 첨단산업단지는 생산기능 뿐만 아니라 연구기능, 주거기능 등 복합 개발을 유도하여 첨단산업의 입지조건을 만족하는 개발유형이었다.

1980년대 초반까지 우리나라는 첨단산업 및 연구개발기능의 입주를 위한 수요조차 극히 미미하였다. 그러나 1980년대 중반들어 국제경쟁력 강화를 위하여 첨단기술산업의 육성에 대한 필요성이 부각되면서 첨단산업단지 개발에 관한 논의가 본격적으로 진행되었다.

중앙정부 차원에서 과학기술부와 산업자원부, 건설교통부 등을 중심으로 첨단산업단지의 개발 필요성 및 이에 대한 정책방향의 제시가 이루어졌다. 과학기술부는 1989년 '전(全) 국토의 기술 지대망 구상'을, 1990년에는 광주, 전주, 부산, 대구, 강릉 등 권역별 중심 단지의 개발을 표방한 '과학산업연구단지 조성방향'을 제시하였다. 또 산업자원부에서는 1989년 광주, 대구, 춘천 등지에 첨단종합단지 개발 및 대전, 청주, 전주, 진주 등지에 첨단산업단지를 건설을 표방한 '첨단산업발전 5개년계획'을 발표하였다. 또한 산업입지 개발의 주무부서인 건설교통부에서는 광주첨단과학 산업기지 개발계획을 수립하고, 이외에 대구, 전주, 대전, 부산, 강릉, 춘천, 청주, 청양, 사천 등 9개 지구를 첨단단지로 개발하고자 추진하였다.

1990년대 초 정부에서 발표된 이러한 계획들은 이후 실행과정에서 정책적인 지원이 뒷받침되지 못하였고, 이후 지역선정의 문제 및 중앙정부의 재원조달 문제 등으로 인하여 첨단산업단지를 지방자치단체 차원에서 자율적으로 개발토록 조치하였다. 이 결과 국가산업단지로 개발된 광주첨단산업단지를 제외한 대부분의 첨단산업단지는 재원부족과 수요미흡으로 개발이 지연되거나 첨단산업의 입주를 유도하지 못하였으며, 분양과정에서 유치업종 변경 등을 통해 기존 산업단지와 다름없는 모습으로 변모하였다.