이 시기에는 산업사회의 발달과 도시화의 진전, 소득수준의 증대로 인한 생활여건의 변화 등으로 인하여 산림에 대한 새로운 수요가 창출되었고, 이러한 국민수요에 대한 적극적인 대처가 필요하였다. 임업내부환경의 여건은 산림녹화는 달성되었다고 해도 1990년 기준 20~30년생의 산림이 64%를 점하는 등 유령림이 대부분이어서 미숙한 자원구성상태에 놓여 있었다. 농 · 산촌은 인력부족으로 노동력 조달에 어려움을 겪고 있으며 그로인한 높은 인건비 때문에 산림투자에 대한 기피경향이 확산되었다. 이처럼 과거의 치산녹화기와는 다른 여건으로 인하여 새로운 산림정책의 틀이 요구되었고, 이에 따라 ‘제3차 산림기본계획’ 인 ‘산지자원화계획’ 이 수립되었다.

1988년부터 1997년까지를 기간으로 한 ‘제3차 산림기본계획’ 은 정부주도하의 녹화 · 규제위주의 임정에서 자율과 조장위주의 임정으로 기조를 전환하였다. 치산녹화 1 · 2차 계획에서 황폐된 산림의 복구가 어느 정도 해결되었다는 판단에 제3차 계획에서는 산림의 자원화를 위해, 목표를 산림소득원 개발과 공익기능 증진의 조화로운 추진을 통한 산지효용의 극대화에 두고 산지의 합리적 이용, 우량목재자원의 조성과 경영기반 확충, 임산물유통체계 정비, 쾌적한 생활환경 조성 등을 중점 추진방향으로 제시하였다.

한편 1993년 문민정부의 출범과 더불어 추진된 신경제5개년계획과 사회 전 분야에 걸친 개혁의 물결은 기존의 산림정책에 대하여도 변화를 요구하였다. 1992년 리우유엔환경개발회의를 계기로 국제적인 임업환경의 변화상과 산림의 중요성이 국민들에게 알려지게 되었고, 리우회의의 후속 조치를 위한 국제간 협상이 계속되는 가운데 지구 산림문제에 대한 국제간 협력체제가 구축되었다.

이 시기에는 제도적인 틀의 개혁도 활발히 추진되어 영림서의 증설, 산림청과 임업연구원 각과의 명칭 변경, 산림청에 산림환경과의 신설, 내무부산하 지방 산림부서의 축소 등 산림행정조직에 변화가 있었다. 「산림법」 및 「임업협동조합법」의 수차례에 걸친 개정 이외에도 「임업진흥촉진법」 및 「국유림활성화법」등 다수의 법률을 입법화하여 산림법 중심의 임정을 지양하고 다양한 분법화 된 개별 법률에 의하여 적극적인 산림정책을 펼쳐나가려는 구체적인 노력들이 진행되었다.

또한 국내외 산림환경기능의 중시에 따른 정책의 변화가 강조되었던 시기로 국립공원 등 법정 제한 산림의 수목관리를 일원화 하기 위해 산림자원관리지침을 제정하고, 산림생물다양성의 보전관리를 강화하기 위한 제도를 수립하고, 산림환경외교를 강화하여 해외산림자원 보유국과의 유대를 강화하였으며, 해외조림을 위주로 한 해외산림개발을 적극 추진하였다. 또한 외국의 문헌에 의해 산림의 문화가치가 소개되기 시작하면서 국내에 「숲과 문화」라는 잡지가 창간되고, 산림청에서도 산림문화가치를 인식시키는 프로그램인 ‘숲과의 만남행사’, ‘녹색수업’ 등이 추진되었다. 산림박물관, 수목원, 산림종합전시관 등의 건립도 산림의 문화가치를 체험적으로 교육시킬 수 있는 역할을 담당하였다.

그러나 간벌 · 천연림보육 등 계획적 육림사업 실적의 저조와 독림가 및 임업후계자 육성과 협업 경영체 조직 등 사유림 경영활성화가 부진하였고, 산촌인구의 감소와 임금상승에 따른 임업노동력 확보대책의 미흡, 국내자원 비축정책과 국내재 수익성 저하 등으로 목재 자급율의 하락, 입산자 증가와 도시화 · 산업화에 따른 산불 · 산림 훼손 등 인위적 산림재해가 증가한 것은 아쉬운 점으로 남는다.

한편 그 간의 정부주도의 녹화임정을 마감하고 자율과 조장에 바탕을 둔 경영임정으로 전환하기 위해 ‘제4차 산림기본계획’을 수립하여, 1998년부터 2007년까지 추진하였다. 계획의 목표를 ‘지속가능한 산림경영 기반구축’에 두고 산림자원 조성, 경쟁력 있는 산림산업 육성, 건강하고 쾌적한 산림환경 증진을 이룩해 나가고자 하였다.

지속가능한 산림경영 이행을 위한 법령 정비의 경우 산림법의 단일법령 체제를 「산림기본법」을 중심으로 하는 기능별 법체제로 정비하여 산림정책의 기본방향을 설정하고, 2005년에 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」, 「국유림의 경영 및 관리에 관한 법률」, 「산림문화ㆍ휴양에 관한 법률」을 제정ㆍ공포하여 산림법 분법화를 마무리하여 「산림기본법」을 중심으로 하는 12개의 기능별 법률체제로 정비하였다.