국회에서 구속동의안이 가결되자 수사당국은 구속영장 발부에 앞서 1956년 3월 3일 도진희를 동행하였다. 허태영과 공모하여 김창룡을 살해하고 저격 당시 사용된 지프차를 인수 받아 수리·위조함으로써 증거를 인멸한 도진희를 입건함이 타당하다고 부대장에게 보고했다.
도진희의 동행이 이루어진 같은 날 구속영장이 발부되어 도진희는 정식으로 구속되었다. 도진희의 구속 수사가 진행되면서 저격에 사용된 차량에 대한 사실조사보고가 이루어졌다. 저격 사건 이후 도진희가 인수하여 수리·운행 중인 지프차를 증거물로 차압하고 사실을 조사한바 관계 서류를 허위로 작성·제출하여 합리화한 것이 판명되어 보고되었다. 〈대여차량검사신청서〉와〈대여짚차량출처보증서〉가 각각 첨부되었다.