특별검찰부 설치와 함께 3·15 부정선거 관련자 수사가 진행되어 1961년 4월 17일 1심 공판에서 최인규 사형, 이강학 징역 15년, 최병환 징역 5년, 이성우에게 징역 7년이 각각 선고되었다. 그러나 5·16 군사정변이 일어나면서 특별재판소의 재판은 중단되었다.